公元2639年，神秘物质突破大气层砸向地球。人类多方拦截终使其落入无人荒漠区。然而，在此物质影响下，沙漠出现了一种由沙子组成的怪物。沙怪以沙漠为生存空间，它们的快速繁衍以至于荒漠迅速蔓延。很快，人类便找出沙怪的快速繁衍在于其可怕的沙化能力，无论是植物，动物还是山河湖泊，包括人类，一旦触碰即被沙化，成为其繁衍的养分。人类将这种外来物质命名destoryer或vader.即“外来入侵的毁灭者”。在沙怪的疯狂侵袭下，万物寂灭……

在人类控制智能机器人与沙怪对峙抗争之际，联盟实验研究所终于研究出可以抵御沙化的药剂，命名ne.译为“新生”。在这举世欢庆之际，更大的悲剧降临了。人体无法控制ne的力量，当ne注入人体，为人类带来抵抗沙化能力的同时也让人体机能彻底崩溃，人类在一瞬间濒临灭绝！

在这岌岌可危之时，失去人类控制的部分智能机器人神奇觉醒意志，优于人类的身体素质使其与ne成功融合。这些新型机器人否决了人类的命名，自称为智能生灵。与此同时，人类临产孕妇使ne经过母体的过滤，与她们腹中胎儿完美融合，成为人类仅剩的新生代。

智能生灵们以海洋为最后屏障，带走了这几百个嗷嗷待哺的婴孩和人类建立的生态基因库，在这群岛上建立了新的城市。自此，城外黄沙纷飞，城内山清水秀……